====== a6m33bin - Bioinformatika ======

  * Stránky předmětu: https://cw.fel.cvut.cz/wiki/courses/a6m33bin/start
  * Přednášející: Jiří Kléma, Filip Železný
  * Cvičící: Karel Jalovec, Michal Anděl

Shrnutí slidů: {{:courses:bin-summary.pdf|}}
===== Cvičení =====

Úkoly stačí odevzdat včas, jinak není těžké dostat maximum bodů.


===== Zkouška =====
Max 50 bodů, min 25. U slovních odpovědí stačilo na relativně dost bodů i to, když se člověk aspoň chytil, věděl co je to za téma a nebyl úplně mimo. Není potřeba vysvětlovat do podrobností (ale samozřejmě určitě neuškodí napsat každý detail, co si k tomu vybavíte.) 

==== Zkouška 8.6.2015 ====

  - Zarovnat dvě krátké sekvence, globálně a lokálně. Vysvětlit rozdíl.
  - De-Bruijnovy grafy. Analyzovat pomocí nich sekvenci v níž byla repetice. Popsat předpoklady. Ukázat příklad, kde by neplatily a jak by postup selhal. Znát související pojmy z teorie grafů a časovou složitost.
  - Vytvořit nehomogenní markovský řetězec pro danou sekvenci, který bere v potaz existenci kodonů délky 3. Vysvětlit rozdím mezi regularizovaným a neregularizovaným řetězcem.
  - Sítě regulace genové exprese: Vysvětlit co představují uzly a jaké jsou typy hran. Popsat, k čemu je regulace genové exprese organismu dobrá.
  - Metoda threading predikce struktury proteinů. Vysvětlit základní ideu, popsat (stačí slovně) stavový prostor a účelovou funkci. 

~~DISCUSSION~~